前往卡那茲市的旅途，小智等人穿越廣大的森林，終於來到睽違已久的城鎮。一伙人分成二組行動，享受都市生活的樂趣。小智帶著小勝想先去吃飯，在街頭發現因害怕躲在巷中發抖的蘑菇神奇寶貝－蘑蘑菇。蘑蘑菇最初對小智等人深懷戒心，不過很快的就對溫柔呵護自己的兩人打開心扉。小智對本來應該住在森林的野生蘑蘑菇為何會在城市出現，感到很不可思議，想將蘑蘑菇帶往神奇寶貝中心。途中經過一棟老舊的房子前面時，蘑蘑菇突然跑進大宅子裡面！於是小智等人慌張的追了上去。同時，在街上購物的小遙與小剛聽到了鎮上被詛咒的大宅院的謠言…到底蘑蘑菇是發生什麼事了呢？那個大宅子裡面到底有什麼東西在呢？