天气研究所的漂浮泡泡 小智等人来到离第六个徽章的所在地茵郁市不远的地方，中途遇到大雪，陷入危机。然后一行人又遇到会因天气而变化外形的天气神奇宝贝，漂浮泡泡。漂浮泡泡带领小智等人到气象研究所，看到储存气象数据的巨大控制器而吃惊不已。火箭队也冲着这个东西过来了。接着，水舰队的人也来了...