小智等人向著紫菫市一路旅行，來到山路旁的神奇寶貝中心。但是裡面卻一個人也沒有。最後面的房間一片凌亂，地板上還有殘餘的睡眠粉。小智等人覺得出事了，趕快查看監視器的錄影帶。出乎意料的看到邪惡神奇寶貝，狡滑天狗將喬伊小姐擄走的畫面。一行人為了救出喬伊小姐，趕往狡滑天狗居住的大樹。可是一路上卻遇到草系神奇寶貝們的阻撓。這時候，喬伊小姐在大樹中醒來，注意到旁邊有一隻睡著的長鼻葉…