旅行途中，小智等人發現一所號稱擁有「世界最強的神奇寶貝」的民間道館。雖然「世界最強」一詞令人懷疑，但一行人仍興致勃勃的敲起道館大門。裡面走出來的是少年安東尼與水鳥神奇寶貝大嘴鷗。小智馬上與這個人展開對戰，可是水系神奇寶貝的大嘴鷗口中，竟然使出草系的絕招，連火燄系的絕技也跑出來！這些不合常理的絕招變化，把木守宮、傲骨燕紛紛打倒。皮卡丘是勉強打成平手，可是也是兩敗俱傷的局面。小智帶三隻神奇寶貝到神奇寶貝中心治療時，火箭隊在想弄到大嘴鷗的過程中，偶然發現最強的神奇寶貝大嘴鷗那千變萬化的絕招秘密，進而立了陰謀想大賺一筆。到底，世界最強的神奇寶貝的秘密是什麼呢？