小智與皮卡丘在芳緣地方展開新的冒險之旅。由於諸多原因，為了與新人神奇寶貝訓練家小遙一起登錄參加芳緣聯盟，正往神奇寶貝中心所在的古辰鎮前進。小遙對神奇寶貝的用法依然很生疏，一路上可用手忙腳亂來形容。最後勉強來到神奇寶貝中心的一行人，從在中心研究古辰遺跡的梅茲博士那裡聽到有關古代神奇寶貝之謎的故事。據說博士最近已解開該謎題。也就在這個夜裡，數個男人突然出現把梅茲博士與小智等人擄走。這些神秘男子的目的到底是什麼？古辰遺跡到底隱藏著什麼秘密？