神奇寶貝華麗大賽告一段落，小智等人在凱那市停留了最後一天。小遙與小剛到市區買東西，小智與小勝和皮卡丘決定到海之博物館參觀。很不湊巧，博物館剛好休館。小智等人遇到了庫斯諾吉館長，並被帶入館內參觀。在那裡，小智等人看到了罕見的燒焦的神秘岩石。此時出現了企圖奪走博物館展示品的火箭隊，將小智等人關進牢籠內。然而比他們更早一步潛入館內的火岩隊又跟火箭隊發生衝突。兩派人馬為了寶物，突然展開了戰鬥…