為了武鬥道館而繼續旅行了小智一行人，正在商討著大吾的事情而來到了「岩石洞窟」，卻意外掉入了火箭隊所設下的陷阱。但是那個時候，周圍的地面卻陷了下去。一行人和火箭隊一起掉進的洞穴的最深處。而在小勝的周圍。皮卡丘和喵喵聚在一起。好像所有人都分散了。小智、小剛、小次郎在一起，而小遙和武藏在一起，尋找出口的活動開始了.「鐵鎧神奇寶貝」可可多拉就居住在這危險的洞穴裡，爭吵不停的３組聯合起來，能逃出洞窟嗎！？小智能和大吾相遇嗎！？