那三只登场！裁判学校之岛！ 小智等人得到了第三个缎带勋章。为了前往下一个道馆所在的绿岭市，一行人搭上了连络船班。然而他们不知自己搞错了目的地，船其实是到达邦巴岛的。在那里，小智等人遇到了带着妙蛙草、卡咪龟、火恐龙的少年，吉米。吉米正在神奇宝贝比赛裁判养成学校学习如何当裁判。受养成学校老师莎莉娜所托，小智与小刚加入帮忙学生的双打比赛的实习课...