為了出席下一場道館的戰鬥，小智一行人乘著哈奇老人的小船朝著武鬥島移動。可是一行人卻來到了無人島，小遙和小勝跑到了海中玩水，卻突然遭到一大群「凶暴神奇寶貝」巨牙鯊的包圍，但幸好被皮卡丘救回了性命。夜晚，一行人在海邊用餐，發現了幾隻巨牙鯊徘徊在岸邊，一行人不以為然。隔早，蓮葉童子被巨牙鯊咬了去，才發現巨牙鯊已經受了傷，小剛徹夜照顧牠。突然!!火箭隊又出現了，將皮卡丘抓了去!!小智能將皮卡丘救出嗎??他們能逃離這座島嗎?