前往卡那茲市的小智等人來到一座森林。聽說最近這一帶目無法紀的神奇寶貝盜獵者很猖狂。由於發現了盜獵者使用的捕獲網的一部份，小智等人遂加入幫忙逮捕犯人。這時火箭隊照慣例的挖掘捕捉皮卡丘的地洞，偶然發現盜獵者抓到的大量有毒神奇寶貝阿柏蛇與瓦斯彈。由於長期以來的好搭擋阿柏怪與雙彈瓦斯都是由阿柏蛇與瓦斯彈進化而來，對這兩種神奇寶貝有深切感情的火箭隊，決定將這群神奇寶貝放出來，自己收下。但是這個行動被盜獵者阿隆發現，火箭隊的阿柏怪與雙彈瓦斯也成了被狙擊的目標！面對使用實力強大的神奇寶貝的阿隆，火箭隊完全無反抗能力！他們是否有辦法保住長期合作的伙伴阿柏怪與雙彈瓦斯呢？火箭隊還會有白色的未來嗎？