為了打敗武鬥道館的道館訓練家藤樹，持續旅行的小智一行人，把鍛鍊自己和尋找珍奇的神奇寶貝當為目標，而來到了一座沼澤。一行人和「沼魚神奇寶貝」水躍魚以及沼澤的主人認識。不管什麼，來到這裡的都得將初學者用的蛋送回培育的地方？向來以打工謀生的小剛倍感興趣，這時打算奪走水躍魚的火箭隊出現了！然後管理水量的控制器卻出了問題，水躍魚群們被大量的水沖走了！！到底小智一行人得怎樣面對這個危機！？並且保護水躍魚群們呢！？