抵達紫菫市的小智等人，為了得到第三個徽章來到紫菫道館。一入道館，突然冒出雷公機器人，與皮卡丘發生了戰鬥。後來，小智與現身的道館訓練家，鐵旋做道館挑戰賽。竟然一下子就打贏了。然而過了不久，皮卡丘的情況馬上變不對勁。帶去神奇寶貝中心疹療後，才知道皮卡丘在與雷公戰鬥的過程中，吸收了過多的電力，所以挑戰時出招的威力才會那麼大….