以神奇寶貝大師為目標，小智與皮卡丘來到未知的新天地--芳緣地方旅行。然而皮卡丘的狀況卻不大對勁。為了讓發高燒呻吟不止的皮卡丘得到治療，小智與芳緣地方出名的神奇寶貝博士，小田卷博士取得連絡。原來皮卡丘是受到之前火箭隊的攻擊影響，體內累積大量的電氣，再惡化下去搞不好會發生爆炸。於是吸取皮卡丘體內的電氣治療馬上展開，但是皮卡丘太過龐大的電氣能量卻引發機械發生爆炸！意識不清的皮卡丘就這樣逃到外面。小智與小田卷博士也馬上緊追上去…。差不多這時候，住在芳緣地方的小遙正踩單車往小田卷博士的方向來，打算拿最初的神奇寶貝以踏上神奇寶貝訓練家之旅。個性開朗、活蹦亂跳的小遙一知道博士不在研究所，也馬上追了出去。到底逃出研究所的皮卡丘是否營安無事？！小智要怎樣克服在新天地突然遭逢的危機呢？