旅行途中，小智在森林遇到以前就很在意的森林蜥蜴神奇寶貝木守宮，馬上興奮的想加以收服，但是卻不小心從山坡上滾下去。與小遙等人走失的小智，滾到了枯萎而神秘的巨樹附近。受其存在感而靠近的小智遇到一隻木守宮攻擊。雖然有皮卡丘可以應戰，但還是被木守宮敏捷的身手給壓制住。幸好在幾隻木守宮的介入下，才結束了這場莫名奇妙的戰鬥。那些木守宮是來帶走這隻不肯離去獨居的木守宮的。木守宮們被這隻頑固不肯離去的木守宮而深感頭痛。唯有小智支持一心一意要照顧巨大樹的木守宮。這時候，火箭隊企圖大量補捉木守宮，想連森林的樹木也一起奪走！到底小智與木守宮是不是能守住巨大樹呢？