為了打敗武鬥道館的道館訓練家藤樹，持續旅行的小智一行人，把鍛鍊自己和尋找珍奇的神奇寶貝當為目標，而來到了一座沼澤。一行人和「沼魚神奇寶貝」水躍魚以及沼澤的主人認識。不管什麼，來到這裡的都得將初學者用的蛋送回培育的地方？向來以打工謀生的小剛倍感興趣，這時打算奪走水躍魚的火箭隊出現了！然後管理水量的控制器卻出了問題，水躍魚群們被大量的水沖走了！！到底小智一行人得怎樣面對這個危機！？並且保護水躍魚群們呢！？

在某個洞窟做修行的小智等人，不小心激怒了在洞窟睡覺的大聲神奇寶貝吼爆彈。在急於逃離吼爆彈追打的情況下，小智等人居然與皮卡丘他們走失了。而此時，勉強逃到外面的皮卡丘等神奇寶貝也拼命的想尋找小智。神奇寶貝們雖然受傷了，還是以出去遠足的心情往森林前進。但是，突然的，四周響起奇特的草笛聲。皮卡丘他們像中了催眠術一樣，開始在同樣的地方打轉起來。神奇寶貝們的身上是出什麼事了?!還有，這個吹草笛的，到底是誰?

以突破武鬥道館為目標，而持續修行的小智等人，在某個洞窟裡面發現了少年和輝的秘密基地。和輝生氣想趕跑小智等人。在旁偷窺的火箭隊想篡奪和輝的秘密基地，卻突然出現神秘的一隊人馬，火岩隊，佔據了這個基地。火岩隊在秘密基地內開始挖洞，挖到很深的地方時，火箭隊看火岩隊的情況，認定此地必有寶物，遂在後頭緊跟上來。而從和輝口中得知詳情的小智等人，為了搶回洞窟，又折返回來…

小智等人今天依然在武鬥島努力修行。企圖搶走一伙人的神奇寶貝的火箭隊，又跑來鬧事。在格鬥中，小遙的「蛹神奇寶貝」甲殼蛹進化成「蝴蝶神奇寶貝」狩獵鳳蝶了!!其進化令小遙高興極了。然而，火箭隊的武藏卻不高興極了。因為她所疼愛的蛹神奇寶貝盾甲繭一點要進化的跡象也沒有。敗給小智等人之後，武藏也燃起了競爭意識，對盾甲繭展開特訓，偏偏盾甲繭實力太強，火箭隊的人所擁有的神奇寶貝根本不是它的對手。為了讓重要的盾甲繭進化，武藏只好尋找厲害的神奇寶貝來磨練，以再度向小智等人挑戰。

今天小智等人依然在武鬥島繼續修行。個性火爆的問題專家，龍蝦小兵的行為使大家有點頭痛。小智想訓練龍蝦小兵的合作精神，決定到廢棄的金礦裡去玩試膽遊戲。他想嚇嚇龍蝦小兵，使它乖一點。扮演鬼怪的小遙與小勝埋伏在金礦中，龍蝦小兵不知情的進去了…。另一方面，火箭隊為了尋寶來到金礦裡面，受到眼光發亮的某個東西的攻擊!!那是真正的妖怪嗎?小遙與龍蝦小兵的命運將會如何呢?

為了再次挑戰武鬥道館的道館訓練家藤樹而持續修行的小智等人，遇到自稱藤樹頭號弟子的格鬥少女小忍的挑戰!!雖然她自稱是頭號大弟子，但是如同過去的小智，小忍只是一昧的使出力量來猛攻。相較於小忍，經過修行的小智在化解攻勢時就顯得很穩重。但是，藤樹卻突然插進來為決鬥喊停。原來他是來提醒一行人，颱風已經來到附近了。在天氣越來越惡劣的情況下，大夥兒勉強逃避到附近的洞窟。在這時候，藤樹的一番告白，「面對強大的力量，不要勉強出頭，想法子渡過去也是很重要的」聽到藤樹這番話，小忍回顧自己的戰鬥方式，似乎有所領會的樣子…#