為了出席下一場道館的戰鬥，小智一行人乘著哈奇老人的小船朝著武鬥島移動。可是一行人卻來到了無人島，小遙和小勝跑到了海中玩水，卻突然遭到一大群「凶暴神奇寶貝」巨牙鯊的包圍，但幸好被皮卡丘救回了性命。夜晚，一行人在海邊用餐，發現了幾隻巨牙鯊徘徊在岸邊，一行人不以為然。隔早，蓮葉童子被巨牙鯊咬了去，才發現巨牙鯊已經受了傷，小剛徹夜照顧牠。突然!!火箭隊又出現了，將皮卡丘抓了去!!小智能將皮卡丘救出嗎??他們能逃離這座島嗎?

為了盡快得到芳緣地方的第二個道館徽章，小智等人來到道館門口。然而，道館訓練家藤樹卻拒絕小智的挑戰，跑出去衝浪。鬥志高昂的小智氣不過去，一直糾纏著藤樹，最後終於如願以償。小智認定藤樹是只曉得玩衝浪的吊兒啷噹的人物，所以對這場比賽充滿了自信。可是面對小智來勢洶洶的攻擊，藤樹的神奇寶貝卻運用衝浪中練出來的身手，很輕鬆的就化解小智的攻擊。小智急得失去判斷情況的能力，依然採用硬攻的方式，結果…:

在武鬥道館之戰裡面，小智被道館訓練家藤樹打倒，感受到自己實力的不足，決定在武鬥島暫時修行一段時間。然而在那個時候，出現了企圖奪走小智等人的神奇寶貝的火箭隊！小智等人好不容易將火箭隊趕跑，但是回過神來卻注意到，小遙的刺尾蟲跟火箭隊的刺尾蟲在混戰中弄混了！刺尾蟲是小遙第一次收服，細心照料的神奇寶貝，想到自己的刺尾蟲被迫與卑鄙的火箭隊待在一塊兒，小遙就非常的不安。忍住盈眶的淚水，小遙拼命奔走尋找火箭隊…。

為了武鬥道館而繼續旅行了小智一行人，正在商討著大吾的事情而來到了「岩石洞窟」，卻意外掉入了火箭隊所設下的陷阱。但是那個時候，周圍的地面卻陷了下去。一行人和火箭隊一起掉進的洞穴的最深處。而在小勝的周圍。皮卡丘和喵喵聚在一起。好像所有人都分散了。小智、小剛、小次郎在一起，而小遙和武藏在一起，尋找出口的活動開始了.「鐵鎧神奇寶貝」可可多拉就居住在這危險的洞穴裡，爭吵不停的３組聯合起來，能逃出洞窟嗎！？小智能和大吾相遇嗎！？

小智一行人，在武鬥島邊架設帳篷，繼續著神奇寶貝的修行。那個時候，沙中突然出現的未知生物，襲擊了小智一行人。打算捕獲牠的小智，卻因為牠的強大力量，而失敗了。而且那個生物，還把帳篷給弄倒了。被嚇到的小智，燃起的捕獲謎的生物的慾望，決定揭發未知生物的原形。靜靜等待的夜晚的到來。於是當天晚上，未知生物還是出現了！！小智能順利捕獲未知生物嗎！？

加入了新夥伴「無賴神奇寶貝」龍蝦小兵，小智一行人持續著在武鬥島的旅行和學習。在與火箭隊的戰鬥中，龍蝦小兵卻發燒了。龍蝦小兵得回到神奇寶貝球裡，但是，神奇寶貝球放在露營的帳篷內。小智打算到神奇寶貝中心請求支援，於是背起龍蝦小兵開始跑！但是，到神奇寶貝中心得經過的河卻沒有橋。而且，這河裡還居住了很多「野蠻神奇寶貝」利牙魚．．．小智能夠打敗這些利牙魚嗎！？