旅行途中，小智在森林遇到以前就很在意的森林蜥蜴神奇寶貝木守宮，馬上興奮的想加以收服，但是卻不小心從山坡上滾下去。與小遙等人走失的小智，滾到了枯萎而神秘的巨樹附近。受其存在感而靠近的小智遇到一隻木守宮攻擊。雖然有皮卡丘可以應戰，但還是被木守宮敏捷的身手給壓制住。幸好在幾隻木守宮的介入下，才結束了這場莫名奇妙的戰鬥。那些木守宮是來帶走這隻不肯離去獨居的木守宮的。木守宮們被這隻頑固不肯離去的木守宮而深感頭痛。唯有小智支持一心一意要照顧巨大樹的木守宮。這時候，火箭隊企圖大量補捉木守宮，想連森林的樹木也一起奪走！到底小智與木守宮是不是能守住巨大樹呢？

小智一行人在森林公園用餐。這是旅行中最快樂的時間之一。但是有個黑影躲在草叢中專門瞄準這快樂的時刻。原來是毒蛇神奇寶貝飯匙蛇想要偷走食物。小遙的神奇寶貝火稚雞被耍了一招，食物還被搶了。不過小智的木守宮很快的以漂亮的身手又將食物搶了回來！可是，憤怒的飯匙蛇的反擊也讓木守宮的右手受了重傷。緊急送去神奇寶貝中心治療後雖然沒什麼大礙，但是木守宮無法接受自己被飯匙蛇打敗，而一個人悄悄離開神奇寶貝中心。他想一個人找飯匙蛇做個了結。在火箭隊費盡心機想收服飯匙蛇的情況下，木守宮賭上尊嚴的第二回合比賽即將開始！

前往卡那茲市的旅途，小智等人穿越廣大的森林，終於來到睽違已久的城鎮。一伙人分成二組行動，享受都市生活的樂趣。小智帶著小勝想先去吃飯，在街頭發現因害怕躲在巷中發抖的蘑菇神奇寶貝－蘑蘑菇。蘑蘑菇最初對小智等人深懷戒心，不過很快的就對溫柔呵護自己的兩人打開心扉。小智對本來應該住在森林的野生蘑蘑菇為何會在城市出現，感到很不可思議，想將蘑蘑菇帶往神奇寶貝中心。途中經過一棟老舊的房子前面時，蘑蘑菇突然跑進大宅子裡面！於是小智等人慌張的追了上去。同時，在街上購物的小遙與小剛聽到了鎮上被詛咒的大宅院的謠言…到底蘑蘑菇是發生什麼事了呢？那個大宅子裡面到底有什麼東西在呢？

旅行途中，小智等人發現一所號稱擁有「世界最強的神奇寶貝」的民間道館。雖然「世界最強」一詞令人懷疑，但一行人仍興致勃勃的敲起道館大門。裡面走出來的是少年安東尼與水鳥神奇寶貝大嘴鷗。小智馬上與這個人展開對戰，可是水系神奇寶貝的大嘴鷗口中，竟然使出草系的絕招，連火燄系的絕技也跑出來！這些不合常理的絕招變化，把木守宮、傲骨燕紛紛打倒。皮卡丘是勉強打成平手，可是也是兩敗俱傷的局面。小智帶三隻神奇寶貝到神奇寶貝中心治療時，火箭隊在想弄到大嘴鷗的過程中，偶然發現最強的神奇寶貝大嘴鷗那千變萬化的絕招秘密，進而立了陰謀想大賺一筆。到底，世界最強的神奇寶貝的秘密是什麼呢？

旅行途中、小智等人誤入神奇寶貝保護區、在那裡遇到一位叫做可莉的女人與「緊咬神奇寶貝」大狼犬。他們是守護這個保護區不被盜獵者侵害的神奇寶貝保護官。一行人都以欽佩的眼光注視擁有厲害的大狼犬與保護官、醫生資格的可莉。但是在大狼犬之中，有一隻是沒有進化的土狼犬。聽說牠是與其它大狼犬同時期出生的，可是恢罏槭颤N，只有這隻土狼犬的進化很遲緩。從沒目睹神奇寶貝進化的小勝，鬧著要看土狼犬的進化，堅持要留下來。不得已，一行人只好在這裡停留一陣子…。就這樣，小勝魯莽的土狼犬進化大作戰開始了！

旅行的途中，小智等人在歇息的湖邊結識了「浮萍神奇寶貝」蓮葉童子與花店三姐妹典子、玲子、奈緒子。一行人拜訪他們的店鋪﹑享用好吃的果子料理、熱烈談論起對神奇寶貝有各種效果的果實。三姐妹中最年幼的奈緒子似乎喜歡上了小剛。由於小剛一句想看看果實中少見的香柚之果，奈緒子竟然獨自到森林裡去尋找！森林天黑後容易迷路。小智等人急忙出發去尋找奈緒子，但是偏偏這個時候火箭隊想要捕抓這些蓮葉童子，小智他們能保護湖泊的和平嗎？