小智等人向著秋葉鎮的方向前進，在懸崖斜面上的山路行走。在那裡，一行人遇到了崖上跳下來的石頭神奇寶貝，寶貝龍。小智認識了寶貝龍的主人米雪兒，得知寶貝龍想要飛翔的心願…。由於寶貝龍進化成暴蠑螈之後就可以飛行，於是小智等人為了讓寶貝龍早曰進化，決定與其對戰。可是比賽中，火箭隊又跑出來，把寶貝龍帶走了。寶貝龍命運將會如何?它能夠不經由進化而飛行嗎?

小智等人向著秋葉鎮前進，與睽違已久的小霞跟波克比，約定在途中的沙漠綠洲碰面。小霞接受綠洲的飯店邀請，要去參加那裡舉辦的波克比慶典。但是去被偽裝成執行委員的火箭隊所騙，使得波克比被綁架到叫做米拉祖的國度去。波克比似乎是米拉祖王國決定王位時必需用到的神奇寶貝。小智等人隨後追上，遇到想利用波克比來登上王位的攝政韓佐，而發生一場戰鬥…

韓佐企圖成為米拉祖王國下任國王，設下陷阱，引來了小霞與小智到宮殿。幸好被偶然認識的莎拉公主所救，正要與波克比一起逃脫到國外。但是韓佐的鐵面忍者與脫殼忍者卻突然來襲，將波克比強行奪走。韓佐奸計得逞成為國王後，還想利用波克比，到海市蜃樓另一頭的波克比樂園，企圖釋放出被封印起來的危險力量。

小智等人向著秋葉鎮的方向旅行，途中存糧用盡，餓著肚子在荒野中流浪。此時搭救他們的，是在荒野中開墾的連勝家族。聽說這個家的長子良平，也是為了成為神奇寶貝聯盟的冠軍而在外面旅行。一家人突然對小智等人提出四比四的挑戰。與這個好戰家族的比賽，結果將是如何呢？

小智一行人向著秋葉鎮的方向繼續旅行，途中在草叢發現一隻精力旺盛的向尾喵。小智等人雖然不知道向尾喵虛弱的原因，但還是在看過芳香療法書籍的小剛建議下，帶著向尾喵前往研究神奇寶貝芳香療法的「綠色之館」。向尾喵經過館內工作人員亞里莎的芳香治療，果然恢復了元氣。接著，小遙為了收服向尾喵正打算打一場的時候，火箭隊的人又跑出來，把館內的香水搶走了。

小智等人向著秋葉鎮的方向旅行，與曾經在某個森林認識的短褲少年阿奇重逢。阿奇自從上次跟小智告別後，也到橙華道館挑戰過。因為挑戰失敗的關係，現在正在這個森林修行。小智等人決定陪阿奇修行一陣子，但是在戰鬥中，阿奇的貓鼬斬狀況顯得很不正常。原來牠是察覺到了藏在樹叢中的宿敵，火箭隊的飯匙蛇的氣息。兩隻神奇寶貝立刻一場死鬥。論實力，是飯匙蛇佔上風。眼看貓鼬斬快被打敗，小智派出龍蝦小兵加入助陣，停止了一場惡鬥。但是，貓鼬斬想一決勝負的鬥志更加旺盛，於是第二場生死搏鬥又開始了。到底勝負將會如何呢？