固拉多vs盖欧卡！(前篇) 搭船前往绿岭市的旅行途中，小智等人的皮卡丘差点被火箭队抢走。战斗中，皮卡丘的电击招引起了爆炸，导致小智等人与火箭队都被弹飞到海中。这时火岩队的潜水舰突然出现，将小智等人抓起来。想利用超古代神奇宝贝固拉多的力量征服世界的他们，终于发现了盖欧卡，可是...

固拉多vs盖欧卡！(后篇) 为了得到超古代神奇宝贝，火岩队与水舰队对决的时刻终于来临。水舰队的老大水梧桐利用红色之珠让盖欧卡苏醒。另一方面，火岩队握有的可以控制固拉多的蓝色之珠却跟皮卡丘融合为一体。被邪恶之心所控制，失控发狂的盖欧卡。火山爆发、与带着蓝色力量的皮卡丘和固拉多果然发生了激烈冲突...

枫与南宇宙中心的战斗 为了得到第七个徽章，小智等人终于抵达绿岭市，前往位于本市的宇宙中心。在中心里面，小智等人迷路了，遇到在地下训练室做神奇宝贝对战的双胞胎，枫与南。他们使用天秤偶的念力，正在无重力状态中战斗。在他们的带路下，小智等人在中心玩得很愉快。此时，枫与南的父亲，航天员基恩搭乘的火箭发射升空了。火箭队的人知道此事，不知又打起了什么鬼主意...

绿岭道馆!太阳岩与月石 攸关小智丰缘联盟第七个徽章的道馆赛终于在绿岭道馆开始了。对手是控制月石与太阳岩的道馆训练家，枫与南。小智拿出皮卡丘与大王燕战斗，向双打比赛挑战。这场比赛究竟会是谁输谁赢呢？

大海男儿四天王源治登场 以第八个徽章为目标的小智等人在前往目的地琉璃市的途中，路过了一座岛屿，正想在其中一家店用餐，偶然遇见四天王之一的源治，一行人兴奋不已。源治的身份是船长。在他带领下小智见识了巨大的帆船，并受邀做一场神奇宝贝对战比赛。面对这场与四天王的对决，小智摩拳擦掌，正想大显身手，然而...

诸星博士之岛化石神奇宝贝出现 前往下一个目的地琉璃市的途中，小智等人来到了一座小岛。小胜在岛上看到「藤壶神奇宝贝」摇蓝百合，追逐在后，因而与大家走散。大伙拼命寻找小胜，途中遇到了名叫诸星博士的男子。他正从事让古代神奇宝贝复活的研究，并说要让大家看看罕见的古虾神奇宝贝太古羽虫的进化。这时，火箭队的人又照惯例跑来作怪...