小智等人為了挑戰在芳緣地方的第一場道館比賽，以卡那茲市為目標前進。在卡那茲市附近還有一個特殊場所，卡那茲中心，那裡正在舉辦神奇寶貝華麗大賽。這與依靠實力來決勝負的一般對戰不同，比的是絕招的華麗度與神奇寶貝本身的成長情況。一行人很感興趣的想要參加，可惜大會已經報名截止。但是，在剛認識的參賽者惠美與英二的好意邀請下，一行人得以助手身份出場。不止如此，以前曾參加這個比賽的火箭隊的武藏，也會出場?!對這項比賽抱有濃厚興趣的小遙興奮不已，別開生面、精采的神奇寶貝大賽現在即將開始!

小智等人在森林深處輕快的前進。越過這座森林，就是第一個目的地卡那茲市了。此時忽然出現一隻竽蟲神奇寶貝，刺尾蟲。小遙在先前的華麗大賽中迷上了狩獵鳳蝶的美麗，所以就興致勃勃的想捕捉可以進化成鳳蝶的刺尾蟲，然後細心培育，使其進化。由於太專注於追逐，不知不覺留下了小智等人，走入了森林的深處。另一方面，在大會上得到慘痛經驗的火箭隊，也想捕抓可以進化成鳳蝶的刺尾蟲。這兩組都想得到刺尾蟲的人馬，在森林中不期而遇。想得到華麗的狩獵鳳蝶的小遙，與火箭隊展開爭奪刺尾蟲之戰。到底，小遙能不能打贏這場比賽？刺尾蟲到底會落入誰手呢？

以卡那茲市為目標的小智一行人，終於來到卡那茲市。立刻與道館訓練家兼神奇寶貝訓練家學校老師的杜鵑認識，不過，與訓練家戰鬥前，必須學習關於神奇寶貝各種各樣的事。從入門班、競賽班、博士班，對學校的教育內容制定，都是學生高興決定的。尤其是小勝，由於校長的好意，將用一天的時間體驗這個入門班所有的事。與神奇寶貝無法接觸的孩子，和小勝激起競爭，小勝的神奇寶貝訓練家學校一曰體驗開始了!

小智等人到達卡那茲市。向芳緣地方第一場道館挑戰賽的曰子終於到了。從以前就對比賽絕招華麗度的神奇寶貝華麗大賽有興趣的小遙，下定決心參加華麗大賽，放棄到道館挑戰比賽。這次成了小智一個人的挑戰。為了對抗擅長使用高防禦力的岩石系神奇寶貝的道館訓練家杜娟，小智與皮卡丘苦練對岩石系效果優越的絕招「鋼鐵尾巴」。然而，無法隨心所欲使出該絕招的皮卡丘還是陷入了苦戰。在杜娟的岩石神奇寶貝朝北鼻的強烈攻擊下，皮卡丘到底能不能及時使出新絕招「鋼鐵尾巴」呢?!。

打贏了卡那茲道館的比賽，小智一行人的心早就飛向下一個目的地武鬥道館。等待搭船到武鬥島的期間，一行人決定在卡那茲市分開來自由行動一陣子。小勝在街上認識了從衣服到食品、什麼都生產的夢幻公司，得文製造股份有限公司的社長，茲伏奇。喜歡小孩的茲伏奇很欣賞小勝，帶小勝到總公司參觀，讓小勝對一個又一個的新發明大開眼界。這時候，兩人發現偽裝成社員的可疑男子，展開了跟蹤。同一時間，研究所內因為遭竊而一陣騷動。東西是這個男人偷走的嗎？他的真實身份究竟是什麼？

小智一行人想搭上每個月只有幾班船的聯絡船到武鬥島。但是由於小遙的疏失，趕不上最近的班船。小遙為了負起責任，到處尋找開往武鬥島的船隻，認識了退休的老船員哈奇。哈奇老人自願送一行人到武鬥島。但是，等小遙帶大家過來時，哈奇老人的態度卻是180度大轉變，冷淡的趕走一行人。百思不解的一行人，從君莎小姐那裡聽來令人擔憂的消息。上次躲在得文公司的水艦隊的人，聽說就躲在這附近，打算與同伴會合。企圖在海上與同伴會合的水艦隊的男子，與擁有私人船隻的哈奇老人的變化，二者似乎有某種關聯。一行人抱著這樣的想法，趕緊回到哈奇老人的地方。到底，哈奇老人與水艦隊之間有什麼樣的關係？小智等人是否能夠抓住水艦隊呢？