小智等人向著紫菫市一路旅行，來到山路旁的神奇寶貝中心。但是裡面卻一個人也沒有。最後面的房間一片凌亂，地板上還有殘餘的睡眠粉。小智等人覺得出事了，趕快查看監視器的錄影帶。出乎意料的看到邪惡神奇寶貝，狡滑天狗將喬伊小姐擄走的畫面。一行人為了救出喬伊小姐，趕往狡滑天狗居住的大樹。可是一路上卻遇到草系神奇寶貝們的阻撓。這時候，喬伊小姐在大樹中醒來，注意到旁邊有一隻睡著的長鼻葉…

以紫堇市為目的地而前進的小智等人，在濃霧的山路中行走著。聽說山中有個村子，在那裡，有著被當成路標的燈塔。小智等人遇到了守護燈塔的「光之石」的正電拍拍與負電拍拍，其主人和智見到小智的打扮，認定他就是村子傳說中的勇者。和智完全沒有戰鬥經驗，他帶著加油神奇寶貝跟隨自己崇拜的小智一起練習。誰知火箭隊卻跑來搗蛋，搶走了光之石與皮卡丘…。

前往紫菫市的途中，小智等人來到了某個城鎮。一行人在那裡認識了帶著「呢喃神奇寶貝」咕妞妞的明菜，決定一起參加即將舉辦的「戲法屋大賽」。克服戲法大王設下的機關，獲得優勝的人將可以得到一年份的能量方塊！一行人以優勝為目標，努力向終點前進，先是迷宮，後是過獨木橋、地洞陷阱等等，後來連拿著麥克風的胖丁也來搗亂。大賽的優勝者到底會是誰呢？

抵達紫菫市的小智等人，為了得到第三個徽章來到紫菫道館。一入道館，突然冒出雷公機器人，與皮卡丘發生了戰鬥。後來，小智與現身的道館訓練家，鐵旋做道館挑戰賽。竟然一下子就打贏了。然而過了不久，皮卡丘的情況馬上變不對勁。帶去神奇寶貝中心疹療後，才知道皮卡丘在與雷公戰鬥的過程中，吸收了過多的電力，所以挑戰時出招的威力才會那麼大….

小智等人結束了在紫菫市的道館賽，為了讓小遙參加神奇寶貝華麗大賽，而決定前往秋葉鎮。一行人途中發現河面有西瓜漂過來，於是把西瓜撈過來吃了。這時少女納奇出現了。她誤以為小智等人是偷西瓜的小偷，命令熔岩蟲與森林蜥蜴攻擊小智。後來一行人解開了誤會，被邀請到納奇的西瓜田去。在那裡，小智與納奇以西瓜田旁邊的戰鬥場地，展開了一場雙打比賽。比賽進行中，想偷走西瓜的火箭隊出現了…

小智等人來到了遠遙湖畔的一個城鎮。由於那裡即將舉辦慶典，羅密歐帶著電螢蟲，茱麗葉帶著甜甜螢，努力的做舞蹈練習。可是羅密歐對電螢蟲下錯指示，在小智等人面前出了洋相……細問之下，才知道羅密歐與電螢蟲都喜歡上了茱麗葉與甜甜螢，因為太在意舞蹈的對方，而拿不出平常的實力。於是小智等人決定幫助羅密歐與電螢蟲…