在那绚烂而又波澜起伏的岭南烟雨之中，郑锦娘辞世后，李善德无力承受丧妻之痛，只能带着女儿袖儿相依为命。那段日子，他节衣缩食，将所有的爱与希望倾注于女儿身上，盼望着在苦难中守得云开。他深知女子更需一技傍身，于是不惜倾囊之力，将袖儿送进霓虹绣坊学习，希望她能于柔软丝线间，刺出自己的锦绣前途。李善德虽贫苦，却始终将最好的留给袖儿，而懂事的袖儿也以自己的方式回报着父亲。每当绣坊发放点心，她都悄悄包上，送回家给父亲品尝。时光流转，寒窗多年，袖儿的刺绣技艺日益精湛，寥寥数针便可绣出花鸟生息。某日，父亲索要胡饼一枚，袖儿便用针线为他精心绣制，融入满腔孝心与感激。
与此同时，潮水暗涌之下，波谲云诡的阴谋悄然展开。云清设法追查十年前那场骑鲸楼大火的真相。多方走访之下，她得知事发前，阿土将两千股海帆筹卖与蓝爷，此事与那场大火息息相关——海虎死后，原本高价的海帆筹转瞬变为一文不值。云清怀疑，这一切并非巧合，而幕后黑手正是凶案元凶。她派遣心腹郑平安，前往寻找蓝爷之子蓝哥，期望借此查得阿土下落。蓝哥初时以为郑平安是何有光派来的探子，心存戒备，却终被郑平安缜密的言辞说服，答应出手相助，一同追查那段被尘封的往事。
功夫不负有心人，蓝哥敏锐地循着蛛丝马迹，从冯掌柜口中挖掘出重要线索。冯掌柜一开始坚持称阿土已葬身火海，但经蓝哥利诱威逼，才吐露心声。那年冯掌柜初至岭南，投奔远亲震海东，偶遇阿土。阿土自持有两千股海帆筹，欲请冯掌柜代为引见财雄势大的震海东。交易一拍即合，震海东买下股份；而后不久，那场肆虐的火灾在骑鲸楼骤然爆发，海虎命丧火场。幸存的阿土九死一生，满身创伤，寻冯掌柜求救。养伤期间，阿土谨慎行事，临别再三叮嘱冯掌柜不可泄露自己尚在人世，否则将有性命之虞。此后，阿土托冯掌柜数次为大庾岭送药，二人偶尔在杜康里小酒馆碰面，彼此成为彼此生命中的隐秘记忆。
李善德得知阿土知晓大庾岭隐秘的小路，萌生请其为向导的想法。获悉阿土最后现身于杜康里酒馆，便与蓝哥同行，寻觅蛛丝马迹。他凭经验，在酒馆附近发现了大庾岭特有的大苍耳，这种奇特的植物岭南罕有，却在阿柴口中得知在大庾岭极为常见。李善德判断，大庾岭人曾到过此地。循着山道，他与蓝哥跋涉入林，终于在密林深处发现一户孤零零的人家。
门扉轻启，开门的是一位年幼且失明的小女孩，她与叔叔相依为命，叔叔出海打鱼，需三日方能归来。蓝哥伪装成商贩意图打探，小女孩渴望拥有刺绣的针线。不忍其寂寞，李善德亲手赠与袖儿绣制的手帕，将那玫瑰红的丝线与深重的情意一并递到她纤细掌心。在与小女孩的对话中，李善德得知她身世悲凉，幸而被伤痕累累的叔叔收留，得以安生。他敏锐地察觉，这“满脸伤疤”的男人多半正是同样亡命天涯的阿土。为防被打草惊蛇，他劝小女孩暂莫告知叔叔，又允诺为她联络绣坊学艺，并将手帕作为信物细心留给她，才心安离去，带着找到阿土的重要消息直奔苏谅处。
岭南今日充盈着别样的喜庆气息，峒人举行盛大婚礼。苏谅与李善德应邀而来，热烈共饮。酒席间，苏谅坦白自己起初意在借助李善德荔枝使的名头谋取私利，然而真正接触之后，发觉李善德为人磊落，心怀大志，由是产生了肝胆相照的情谊，愿与其携手将岭南荔枝运至长安。席间杯盘交错，热情洋溢。他们随着峒族同胞载歌载舞，李善德畅想美好未来，仿佛卸去所有重负，难得地展露出孩童般的欢喜。然一旁的阿柴，早已看出阿僮对李善德一往情深，却知这段情缘终难圆满——李善德终究要离开岭南回返长安，注定两地天各一方。
另一边厢，郑平安获悉阿土踪迹，第一时间将此消息报告云清。云清自知此案牵涉幕后之人，极需阿土还原真相，她千叮咛万嘱咐，命郑平安三缄其口，绝不可让阿弥塔得知。他们明里暗里都想揭开那桩旧事背后的黑幕。与此同时，赵辛民目睹何有光日趋跋扈，觉察风向有变，于是盘算自身退路。他试图以美人计拉拢郑平安，借郑平安之势攀附右相，岂料被机警的郑平安当场识破，反成笑柄。赵辛民走投无路，不得不主动联络阿弥塔，同谋翻局。他试图游说阿弥塔反目何有光，只要两人内斗，便能推举肖云川成为胡商商会行首，趁机挟势获利。
时光如水，眨眼三日，出海的阿土即将归来。赵辛民带人悄然埋伏于阿土孑然的茅草屋前，图谋将其抓获。不过李善德早已捷足先登，守候屋外，只盼寻得阿土解开心头疑云。可惜直到夜幕深垂，阿土未曾归来——原来机警的阿弥塔早派人悄悄掳走阿土。他抑制不住内心焦灼，迫切想从阿土口中获知父亲海虎遇害真相。阿土却不愿重温当年痛楚，留下内心的阴影，阿弥塔体谅他的悲苦，不再逼迫，只是苦口婆心请他斟酌思索。
局势变幻，诸方势力暗流涌动。蓝玉驿马疾驰前往刺史府，禀告何有光，阿弥塔已将阿土控制。何有光闻讯大惊，意识到阿弥塔已生疑心，当机立断带人前往找阿弥塔质问。云清嗅出危机，立即派手下星夜护佑阿弥塔，将危险消弭于未发之时。如此，真相的波澜，命运的变数，情感的流转，都在这片岭南大地上悄然酝酿，等待着终有一日，尘埃落定，昔日血火与人心的纠葛，能够拨云见日，得出属于所有人的清白与安宁。