初入刑门之时，耿无伤便察觉到钟士载身上那股与同门截然不同的血腥与戾气。那少年在他面前跪下时，衣衫尽染殷红，伤口新旧交错，如同方自修罗场中爬出。耿无伤虽心中惊疑，却因年老无子、膝下空虚，将这来历不明却资质过人的弟子视作命中所托，倾尽一身所学，将仵作之道、验尸之法一一传授，不吝毫厘。他原盼钟士载能以此技行公义、佐天理，谁知埋在对方骨血中的，并非悲悯，而是被压抑已久的杀念。
随着岁月推移，耿无伤愈发察觉，这名首徒并不适合久居尸台旁。年少时那桩难以启齿的杀人旧案，如阴影般盘踞在钟士载心底。仵作每日与冰冷尸骸、森然凶器打交道，凡人畏惧之物，于他却成了唤醒旧事的媒介。一次次解剖与检验，使他在别人的伤口里看见自己的过往，杀意非但不被化解，反而被一点点勾回。尽管钟士载技艺精湛，放眼同辈几可列入翘楚，却总在大比中难入三甲，因为他更擅长的，是揣摩人心、布局算计。于是，当董越一案显露不合情理之处时，耿无伤心中疑网顿起，几乎一眼便将怀疑锁定在钟士载身上。他表面平静，佯称要亲自出战大赛，又留书明示：若自己身遭横祸，多半为钟士载下手。此举既是以身试险，也是对多年师徒之情的最后一次求证。
真相终被逼出，钟士载对杀人之事直言不讳。他自陈出身卑微，乃奴籍出身，却偏偏马术、人情、文才皆胜主家小公子一筹，由此引来忌恨，日常非打即骂，受尽折辱。为了苟延读书梦，他强忍屈辱，伏低做小，换来的却是更加肆无忌惮的摧残，几次险些被活活打死。忍耐终有极限，他在绝望之中挥刀，亲手斩杀主家三口，又伪造盗匪夜袭的假象，为不露破绽竟连自己也刺伤，以迷惑官府查案。正如耿无伤所言，钟士载对仵作之途早已心生厌倦，每当面对尸身、血迹与凶器，脑海中总会浮现当年那夜的血光与哀号。如今杀戮之路越走越深，他虽胸怀野望，终究在一次次谋杀中将退路断尽，沦为无法回头的罪人。直至狱中忽闻城中再起命案，他本能想要出面查验，方惊觉自己早已成了阶下囚，连触碰尸体、辨析死因的资格，都变成遥不可及的奢望。
案情胶着之时，万年县忽需仵作协助。苏无名遣人上门，恭请声名在外的耿无伤出山验尸，却被他以年老病重推辞，只让小女酥蝉代为前往。酥蝉自幼承父荫庇，耳濡目染之下学得验尸真诀，落笔成辞既冷静又精准。她出手不久，便从尸体细微变化中推断死因，条理分明，推演严谨，令苏无名心折。当即便许下诺言，今后县中若再有疑难尸案，皆可聘请酥蝉协助，自此，酥蝉成了万年县首位女仵作。女死者父母供述，女儿曾在街市拾得一只红色钱袋，死前举止与往日并无大碍。苏无名遂带人走访周边，欲寻钱袋主人，却无人认领。与此同时，酥蝉亲自熬制羹汤探望殷腰，在闲谈间提及自己已受聘为仵作，并真诚劝他重回旧行，以他的本事，若重入大赛，未必不能拔得头筹。然而殷腰心意已决，一心只愿安安分分当个殓容师，耐心为死者描绘最后一抹体面，他只婉言谢绝酥蝉好意。
不久之后，殷腰受邀替那名女死者整理容颜。他在尸前踏下禹步，行古法奠容之舞，用虔敬之态安抚亡魂，继而小心翼翼为其洗净污血、敷粉描妆，令死者面容重现生前温婉。待苏无名与褚樱桃赶到灵前，见殷腰所妆之容，怨色尽褪，仿佛熟睡一般，而他所收报酬不过区区五十文。这一幕令苏无名颇受触动，首次真切感受到殓容一职之庄重：仵作追索的是真相，殓容守护的却是体面。自那以后，他不再勉强殷腰回到验尸台前。案件却并未因此明朗，线索愈加错综。苏无名坐在酥山店中，对着那只红色钱袋反复揣摩，又请费鸡师过目。费鸡师一眼辨出，这竟是鬼市中流传的“搐气袋”——乃借寿邪术之用器。将死之人亲属会将钱币置入袋中，丢弃街头巷尾，若有人拾得，便可将病人残余寿数转移给对方；若有人因此杀死拾袋之人，则是以血换寿，残忍阴毒，纵在鬼市中亦属禁忌。裴喜君细细查验袋中纸条，认定书写者文理粗鄙，墨迹生涩，多半是从未进过学堂之人。
夜幕沉沉，董越的徒弟在酥山店外焚纸祭奠师父，风卷残灰，将哀思吹得更加荒凉。忽见路旁静放一只钱袋，他不疑有他，俯身拾起。翌日清晨，人们却在店中发现他横尸地上，长剑直贯胸膛。徐耆长观察片刻，草率断定为自戕，苏无名却见其中诸多不合，立刻提出异议。案发之处柜上，还端端正正放着另一只搐气袋，袋内是一张写有“三”字的小纸片，旁边又有四十九枚铜钱。酥蝉受请前来验尸，凭血迹喷溅形态与伤口走向判断，断定此案乃他杀，凶手利用布景伪装成自杀，并且极擅算计。她仍觉得血迹分布颇有怪异，决定再作详细勘验。回家路上，她将案情始末细述给耿无伤听，在床边瞥见父亲常备马钱子，方知他病情久缠，疮毒反复，唯以此物勉强止痛。耿无伤强撑病体，亲自登门拜访苏无名，请求一观那两只搐气袋。二十年前，他曾经历过相似的诡案，对此邪术印象极深。待看清袋中纸条的笔迹后，他神色倏变，原本隐约的猜测，开始在心底凝成惊人的答案。
不久，耿无伤托人邀殷腰入宅小聚。席间，他缓缓道出近三年来所做之事——将自己毕生验尸心得、见闻怪案整理成册，名为《凝尸记》，却迟迟未能写下终章。他真诚希望殷腰能为其补全最后一篇，日后此书便署二人之名，将后学之路留一分给这个他最为看重的弟子。殷腰又惊又惶，只觉此恩重若山。但在闲谈间，他才得知，当年耿无伤举荐钟士载入刑部大理寺，并非偏爱首徒，实则是想将殷腰留在身边，协助编纂典籍，以免天赋出众却性情柔善的殷腰卷入官场风波。至此，他方明白自己多年来误解恩师良苦用心，不觉泪湿衣襟。耿无伤随即取出早已拟好的文书，打算将钟士载逐出师门，只待门下弟子联名签署。殷腰提笔写下姓名与日期时，那行字锋娟秀，却与搐气袋里现出的笔迹如出一辙。耿无伤目光在纸上停驻良久，心中最后一道迷障终于碎裂。
同一夜里，街边又现横死的乞丐，瘦骨嶙峋的尸身旁，孤零零放着第三只搐气袋，纸条上写着一个歪歪扭扭的“六”字，仿佛在默数着尚未结束的杀戮。血案如连环相扣，凶手步步紧逼，将人命化为冷冰冰的数字。酥蝉忙完验尸，心神未宁地赶回家中，却在推门一刻，猛然看见父亲静静仰卧床榻，胸膛再无起伏。屋内一如往常，书卷仍在，笔墨未干，仿佛他只是在片刻歇息，唯有那一点已散尽的余温昭示着残酷现实——支撑一切的长者，再无法起身指点迷津。骤至的丧父之痛，连同扑面而来的疑团，将酥蝉推向更幽深的黑暗，而潜伏在案后的人心与真凶，才刚刚露出冰冷的一角。