日军铁蹄踏碎东北，药材运输被生生掐断，上海各大药铺一夜之间断了血脉，生意急转直下。为了自保甚至捞钱，夏元悄然与日本人小村森一勾连，打算从敌人手里进药材，褚韶华与闻知秋闻讯坚决反对。在国药公会主席改选之时，闻知秋更是在票上投下“反对”二字，将夏元推上风口浪尖，迫使他黯然辞职，心中怨恨油然而生。
颜面尽失的夏元不肯就此退场，他转头拉拢褚韶华，企图联手把闻知秋赶出闻氏大药房，独揽大权。谁知褚韶华态度坚决，宁站闻知秋一边，也不与日伪同流合污。夏元恼羞成怒，立刻号召上海各大药铺与闻氏大药房全面中止合作，只要闻知秋稍有闪失、不能如期交货，便要面对一笔足以压垮闻氏的大额赔偿。闻知秋不愿坐以待毙，与褚韶华商量后决定分头出击，他去游说药商争取延迟交货，然而药商们见势不妙坚决不肯松口，闻知秋眼看就要被逼入破产深渊。
与此同时，褚韶华满城奔走寻找新货源，却发现药商们不是刻意推脱“没货”，就是千方百计设置门槛，不肯给闻氏供货。她顺藤摸瓜，终于意识到这一切背后都是夏元在操纵。正当二人走投无路之时，商界老油条田同道主动上门，提出愿意与闻知秋合作，一线生机似乎就此出现。
闻知秋与褚韶华亲自登门拜访，田同道表面笑脸相迎，转身却狮子大开口，开出了足足五倍的药材价格。褚韶华一眼看穿他趁火打劫、落井下石，当场怒火中烧；闻知秋却强压怒气，不肯轻易放弃这条唯一的供货渠道，与田同道你来我往地讨价还价。最终他咬牙坚持要按原价收购田同道的药材，褚韶华当场被“气”得失去理智，端起一杯热茶泼在闻知秋脸上，拂袖摔门而去，闹得不欢而散。
田同道亲眼看着两人“翻脸成仇”，心里乐开了花，以为闻氏内部已经分崩离析，爽快答应第二天就发货。等他一走，闻知秋立刻赶去与褚韶华会合，二人在街角会面，互相对视一笑——原来那场激烈冲突不过是一出精心排演的戏。为了麻痹田同道，他们甘愿在外人眼中撕破脸皮，只为逼他放下戒心，按原价递出这批救命药材。
一眨眼便到了1932年1月28日。日军战机呼啸着掠过上海上空，炸弹像雨点般倾泻而下，这座繁华都市瞬间被轰成一片焦土，街巷间哭号震天，人们四散奔逃。炮火尚未停歇，褚韶华已顾不上个人安危，毅然投身救援队伍，在枪林弹雨中抬运伤员，将一具具血肉模糊的身躯送上救护车。饭店伙计四散而逃，只有康二妞被吓得浑身发抖，不知所措。孙龙吟毅然参军上前线，在临行前特意赶来与康二妞辞别，康二妞含泪劝他莫要去拼命，孙龙吟却郑重发誓：等他活着看见战争结束的那一天，一定回来找她。
上海陷入水深火热，各大药铺却趁机疯狂涨价，借国难大发横财。夏元无视梅三度一再劝阻，将店里药价统统抬高。与此同时，褚韶华和闻知秋把筹来的药品、绷带送往前线指挥部，途中忽遭日军战机俯冲轰炸，爆炸声震耳欲聋。千钧一发之际，闻知秋用身体死死护住褚韶华，自己却身受重伤，被炸得血肉模糊，褚韶华也被巨响震昏。康二妞尚未来得及撤离，饭店便在炸弹中瞬间坍塌，她被压在厚重的废墟之下，生死未卜。
褚韶华迷迷糊糊醒来时，满眼皆是绷带与血迹，她得知闻知秋头部重创，仍昏迷不醒，随时可能有生命危险。另一边，夏元听说香山路被炸得面目全非，心中一紧，立刻带着梅三度赶往康二妞的饭店。只见楼顶炸出一个巨大的窟窿，梁柱断裂，他正要失望离去，却在瓦砾堆里隐约听到细微的声响，又看见一只熟悉的高跟皮鞋露在废墟边缘——那是康二妞常穿的一双。夏元心头一震，不顾粉尘与残骸，用双手一点一点挖开废墟，终于将奄奄一息的康二妞从鬼门关前拖了回来。
时间一天天过去，褚韶华的伤势渐渐好转，而闻知秋却始终沉睡不醒。她几乎寸步不离守在病床前，望着那张毫无血色的脸，心如刀割。第六个夜晚，她急得泪干，忽然想起爷爷曾说过，当年有一名身负重伤的将军，正是靠一剂“万灵丹”才从鬼门关被拉回人间。褚韶华一丝希望抓得紧紧，当夜便赶回药房，翻出祖传方子，开始配制这贴几乎近乎传说的救命药。
万灵丹共有一百多道工序，每一步都极其苛刻，稍有差池便前功尽弃。褚韶华熬了一整夜，眼睛布满血丝，终于勉强配出第一剂万灵丹，立刻赶去医院给闻知秋服下。然而医生检查后却摇头叹息，表示病人毫无转醒迹象，劝她做好最坏的心理准备。褚韶华倔强不肯认命，她记起爷爷曾说“万灵丹因人而异”，又连夜回到药房，依据闻知秋的体质重新调整药方，再次熬制。第二剂下肚，闻知秋依旧纹丝不动，病房内只剩心电跳动的微弱声响和她一声声压抑的啜泣。
看着床上那张苍白的脸，褚韶华忽然想到，闻知秋曾多次提起，中西结合才是医道未来。她咬牙放下成见，将祖传药方与西医理念一一对照，重新计算药量与配比，熬出第三剂“中西合璧”的万灵丹。药汤送入口中后，病房仍旧寂静无声，闻知秋没有任何反应。崩溃与绝望一股脑涌上心头，她伏在床边，泪如雨下，喃喃祈祷：只要他能醒过来，她愿意放下所有顾虑，嫁给他，用余生来偿还这一切。
仿佛听见了她的心声，昏迷了整整十天的闻知秋终于缓缓睁开双眼。那一刻，褚韶华又惊又喜，几乎不敢相信眼前景象。经过精心护理与调养，闻知秋的伤势渐渐好转，两人开始筹划婚礼。闻知秋特意去给夏初扫墓，向这位逝去的恋人告别，也算给过去画上一个句号。褚韶华则邀请康二妞做自己的伴娘，盼望她能见证这迟来的幸福。得知此事后，夏元心中五味杂陈，愤懑难平，康二妞却温和劝慰：夏初已离世五年，人活在世上，总要向前走。
为准备婚礼，褚韶华与闻知秋前往洋服店挑选西装。伙计领闻知秋进里间试衣，留褚韶华在外厅等候。店老板抬眼一看，愣了一下，随即脱口而出：五年前，她和夏初来这里试婚纱的情景，他记得清清楚楚，甚至记得夏初遇害当天，正是闻知秋到店里将夏初叫走。听到这句话，褚韶华心中猛地一颤，仿佛有什么沉睡已久的疑团被骤然撕开了一角。
揣着满腹疑问，褚韶华悄然调出当年夏初被杀的卷宗。卷宗上白纸黑字写着：穆子儒执行的是有预谋的暗杀任务，根本不是当初所说的“误杀”。紧接着，她又在夏初遗物中翻出一张药单，上面赫然写着“闻知秋”三字——那天，夏初正是去康宁诊所替人抓药时，被穆子儒一枪击倒。当她再回想起，小林早在五年前就与闻知秋认识，经常以给奶奶买“补脑丹”为由出入闻氏大药房，如今却被康二妞亲口告知，小林的奶奶早已去世多年。零散的线索在脑海中迅速拼合成一幅惊心动魄的图景：误杀并非偶然，邂逅亦非巧合，真相正在逼近，而矛头，似乎正指向那个她即将嫁给的人。